Overview

  • Rendement et pureté de l'ARN ou des acides nucléiques totaux constants et supérieurs
  • Aucune centrifugation, filtration sous vide ni aucun solvant nécessaire
  • Compatible avec le traitement manuel ou automatique

Application: isolation de l'ARN total ou des acides nucléiques totaux à partir des échantillons de tissus FFPE
Techniques d'application en aval: PCR quantitative en temps réel et microarray

Présentation du procédé

A - B. Digestion du tissu et libération des acides nucléiques. 1. Liaison des acides nucléiques aux billes magnétiques  2. Séparation des billes 3.Lavage des produits capturés avec de l'éthanol à 70 %  4.Lavage avec de l'isopropanol pour retirer les contaminants  5. Lavage avec de l'éthanol à 70 %  6. Élution des acides nucléiques à partir des particules magnétiques.

Récupération des fragments d'acide nucléique

La fixation d'échantillons de tissu dans du formaldéhyde peut provoquer une réticulation étendue des composants tissulaires. La qualité des acides nucléiques varie en fonction de plusieurs facteurs, y compris la manière dont le processus de fixation au formol a été mené, l'âge de l'échantillon, les conditions de conservation, etc. Comme on peut le voir à la Figure 1, les acides nucléiques provenant d'échantillons FFPE de types et d'âges différents ont été isolés à l'aide du procédé Agencourt FormaPure et ont bien été amplifiés par PCR.

Récupération d'acides nucléiques

Figure 1. Les acides nucléiques totaux ont été isolés à partir de sections de 5 microns pour chaque tissu. Le volume d'élution était de 40 µL. Deux (2) µL de produit élué ont été utilisés dans une réaction PCR de 20 µL (45 cycles) afin d'amplifier une zone de 300 pb du gène GAPDH. Un échantillon de 10 µL a subi une électrophorèse sur du gel d'agarose à 2 %. La ligne 9 contient le contrôle négatif. La ligne 10 contient une échelle de 1 kb.

Pureté constante de l'ARN

Le système Agencourt FormaPure assure un rendement et une pureté constants de l'ARN. Le tableau 1 montre des données pour l'ARN récupéré à partir de cinq reproductions FFPE biologiques de poumons de rat qui ont été purifiées à l'aide du système Agencourt FormaPure. On observe des taux constants allant de 1,79 à 1,83 pour 260/280 et de 1,06 à 1,21 pour 260/230. Les tracés de l'analyseur biologique Agilent* provenant des mêmes échantillons font état d'une pureté et d'une récupération de fragments de l'ARN constantes (Figure 2).

Tableau 1. Données du site Beta relatives à l'ARN purifié extrait des tissus FFPE pulmonaires d'un rat à l'aide du système Agencourt FormaPure. Une section de 10 microns a été utilisée pour chaque reproduction.

Pureté de l'ARN

Figure 2.Tracés de l'analyseur biologique Agilent de l'ARN préparé à partir de plusieurs tissus FFPE pulmonaires de rat à l'aide du système Agencourt FormaPure. Tous les échantillons ont été traités avec de la désoxyribonucléase I.

Résumé

Le système Agencourt FormaPure peut extraire les acides nucléiques totaux ainsi que l'ARN total et offre un rendement et une pureté supérieurs dans un processus compatible avec l'automatisation. Cette technologie peut purifier les acides nucléiques provenant d'un grand nombre de types de tissu afin d'être utilisés dans des techniques telles que le génotypage de polymorphisme d'un seul nucléotide, l'expression des gènes et le séquençage. Grâce aux billes paramagnétiques, aucune centrifugation, filtration sous vide ni aucun solvant chimique n'est nécessaire. Le système Agencourt FormaPure ainsi que la station de travail Beckman Coulter Biomek NXP ou FXP Span-8 aident à répondre aux questions les plus vastes de notre temps d'un point de vue biologique.