Le logiciel CytExpert logiciel distingue la compensation et l’acquisition d’échantillon dans des fichiers d’expériences .xitc et.xit, respectivement. Le chercheur peut choisir laquelle exécuter en premier.

Création d’une nouvelle expérience (.xit)

1. Sélectionnez New Experiment (Nouvelle expérience ) dans le menu File, préciser le chemin d’accès au fichier et le nom de l’expérience ou acceptez la dénomination par défaut Exp_AAAAMMJJ-1 et sélectionnez Save (Enregistrer).
2. Sélectionnez Set Channel (Définir un canal) dans le menu Settings (Paramètres). Sélectionnez les signaux du canal souhaités dans les cases à cocher. Saisissez le nom du réactif dans la colonne d’étiquette, si vous le souhaitez.
3. Explorez les boutons de la barre d’outils pour créer des graphiques dans l’espace de travail de l’expérience. Sélectionnez le nom de l’axe sur le graphique pour modifier le canal affiché.
4. Pour créer des grilles, utilisez les boutons de contrôle du fenêtrage sur la barre d’outils ou cliquez droit sur le graphe et sélectionnez le type de grille requis.
5. Sélectionnez la zone d’en-tête de la courbe pour attribuer les grilles aux graphes requis.
6. Sélectionnez le bouton Population Hierarchy (Hiérarchie de la population dans la barre d’outils pour afficher la hiérarchie de la population. Vous pouvez modifier la couleur et les noms des grilles en double cliquant la couleur ou le nom dans la fenêtre de la hiérarchie de la population.
7. Sélectionnez le bouton Statistics (Statistiques) dans la barre d’outils pour afficher la fenêtre des statistiques. Cliquez droit sur le tableau Statistics (Statistiques) et sélectionnez Statistics Setting puis vérifiez l’en-tête, les statistiques et les populations d’intérêt souhaités.
8. Sélectionnez le bouton Acq. Setting (Paramètres d’acquisition) sur le panneau gauche pour ouvrir la fenêtre Acq. Setting (Paramètres d’acquisition) et afficher les gains du cytomètre et les paramètres seuils. Dans le Obtenir onglet, sélectionnez Recommandé dans les cas où vous ne précisez pas vos propres paramètres de gain de paramètres par défaut.
9. Importez la matrice de compensation pour appliquer les valeurs de compensation à l’expérience si nécessaire en sélectionnant Compensation Matrix (Matrice de compensation) du menu Settings (Paramètres) pour mettre en avant le tableau de la matrice de compensation. Sélectionnez Import from Library (Importer de la bibliothèque) ou Import (Importer) et localisez le fichier de la matrice de compensation (.comp) à importer. Sélectionnez l’option souhaitée pour l’importation de la matrice de compensation et les paramètres de gain. Se reporter à la section Importer et exporter une compensation dans le module de compensation de la notice d’utilisation de Cytoflex pour obtenir plus d’informations.

Échantillonnage et recueil de données

1. Placez le tube d’échantillon dans le porte-tube d’échantillon et sélectionnez Run (Exécuter) pour charger l’échantillon. Dans le paneau Acquisition , sélectionnez le débit et le type d’échantillon dans les paramètres d’acquisition souhaités pour les Events to display (Événements à afficher), Events to record (Événements à enregistrer) et Time to record (Événements à enregistrer).
2. Ajustez les paramètres de gain pour les différents canaux dans l’onglet Gain de la fenêtre Acq. Setting ou utilisez le bouton Gain Control (Contrôle du gain dans la barre d’outils directement sur le graphe où les données s’affichent durant le recueil des données. L’augmentation du gain augmente le signal. La réduction du gain réduit le signal.
   Remarque :optimisez les paramètres de gain selon vos propres objectifs expérimentaux. Les paramètres recommandés sont uniquement fournis pour référence.
3. Ajustez les paramètres seuils si nécessaire pour supprimer tout signal de bruit inutile en sélectionnant l’onglet Treshold (Seuil) dans la fenêtreAcq. Setting (Paramètre d’acquisition). Choisissez le canal pour les paramètres seuils et saisissez une valeur manuellement dans l’onglet Treshold (Seuil). Alternativement, sélectionnez le bouton Treshold (Seuil) dans la barre d’outils et déplacez la souris jusqu’à la position des seuils souhaitée dans le graphe souhaité.
4. Sélectionnez Record (Enregistrer) pour enregistrer les données et patientez jusqu’à ce que le processus d’enregistrement soit terminé. Le même porte-tube d’échantillon retourne en position de chargement. Ajoutez des tubes supplémentaires à la liste Tube si nécessaire, chargez les tubes et enregistrez les données pour chaque tube jusqu’à ce que toutes les données requises aient été recueillies.

Identifiez les statistiques à exporter avec l’expérience

Un tableau des statistiques peut être créé en sélectionnant l’icône « Statistics » (Statistiques) dans l’onglet Workspace (Espace de travail).

1. Lorsque le tableau des statistiques s'affiche, cliquez droit sur le tableau pour accéder au menu.
2. Sélectionnez Statistics Setting (Paramètres des statistiques) et choisissez ici les statistiques, la population, et l’en-tête que vous souhaitez afficher.
3. Sélectionnez Apply to All Tubes (Appliquer à tous les tubes) en bas de la fenêtre Statistics Setting si vous souhaitez appliquer à tous les échantillons. Sélectionnez OK une fois terminé.
4. Si vous souhaitez exporter les statistiques vers un tableau .csv, cliquez droit sur le tableau et sélectionnez Export All Samples to CSF File (Exporter tous les échantillons vers un fichier CSV). Choisissez le répertoire et sauvegardez le fichier.
5. Vous pouvez ouvrir ce fichier dans Excel et, en outre, le sauvegarder comme un fichier.xls.

Analyse des données

1. Ouvrir une expérience existante (.xit)
   File Menu (Menu des fichiers) > Sélectionnez FCS File (Fichier FCS), Open (Ouvrir). Les fichiers importés comportent alors un cercle vert.
2. Choisissez l’icône d’analyse sur le côté gauche de l’écran
3. Utilisez les outils de graphisme nécessaires pour compléter l’analyse. Graphiques à données multiples ou graphiques superposés (menu déroulant). Sélectionnez l’outil en diamant pour remplir les graphiques superposés ou faites glisser et déposez les fichiers.

Reportez-vous aux instructions du manuel de l’utilisateur pour l’analyse des données pour obtenir des instructions d’utilisation plus détaillées.