Capacités d’AMPurex P

Impact des kits de nettoyage sur la qualité et l’efficacité du séquençage de l’ADN

Les applications de séquençage de l’ADN dans la recherche biologique sont croissantes. Un moteur significatif de cette croissance est le séquençage de nouvelle génération (SNG), une technologie de séquençage de l’ADN moderne qui joue un rôle déterminant dans l’identification de séquences d’ADN complètes ou de génomes chez l’homme, chez de nombreux animaux, des plantes, et d’espèces microbiennes.

LE SNG peut offrir rapidité, fiabilité, et efficacité en termes de coûts. Cependant, ces avantages dépendant également de la qualité de l’ADN à séquencer. Une mauvaise qualité ou inefficacité dans les premiers stades du processus de séquençage peut entraîner des coûts supplémentaires dus aux erreurs, travail à recommencer ou déchets ultérieurs. Lorsque le séquençage de l’ADN est à l’origine du développement, de tests, et de la fabrication de médicaments ciblés, ou du suivi et l’endiguement de virus dangereux et d’épidémies, les résultats ne doivent pas être exposés à des risques de raccourcis non judicieux en amont.

Les kits de nettoyage constituent une partie pivot du processus de SNG. Ils ont un impact immédiat sur l’efficacité et sur la qualité, ainsi que des impacts essentiels en aval du processus. De toute évidence, cela ne vaut pas la peine de compromettre la chaîne toute entière des opérations de séquençage d’ADN et plus encore, pour simplement économiser quelques deniers sur les prix par échantillon de kits moins chers mais dont la performance est plus faible, de plus mauvaise qualité et moins efficace.

Il est donc essentiel d’examiner un kit de nettoyage de séquençage d’ADN avant la sélection et de comparer sa performance globale avec celles d’autres kits, soit lors de l’instauration des opérations de SNG, soit au moment d’envisager de changer de solution de kit de nettoyage. Même si le coût d’un kit de nettoyage est toujours un facteur, changer pour des produits meilleurs marchés ou alternatifs n’est pas nécessairement plus avantageux et ne tenir compte que du prix peut avoir des conséquences fortement indésirables.

Figure 1 Capacités et rendement d’AMPurex P

Facteur 1 – Rendement

Le premier facteur, et peut-être le plus évident, est le pourcentage de rendement, la concentration d’ADN finale divisée par la concentration d’ADN de départ, multipliée par 100 %. Pour une qualité et une efficacité optimales, le pourcentage de rendement doit être compris entre 80 % et 95 %. Des rendements plus faibles peuvent compromettre la qualité des données en aval. Tous les kits de nettoyage ne peuvent pas tous atteindre systématiquement un haut rendement (voir Figure 1).

Facteur 2 – Pureté

Un ADN de bonne qualité doit présenter un ratio A260/A280 d’au moins 1,8. Une note inférieure indique la présence de protéines. De même, un ratio A260/A230 inférieur à 2,0 indique la présence d’autres contaminants.

Figure 2 Capacités et temps de configuration d’AMPurex P

Facteur 3 – Temps

Le temps est souvent la ressource la plus précieuse. Des durées plus courtes de nettoyage sont plus utiles. Une différence entre 30 et 45 minutes par étape de nettoyage (voir la figure 2) est multipliée chaque fois qu’une étape de nettoyage supplémentaire est nécessaire lorsque vous exécutez les kits de constitution de bibliothèque. Par exemple, 3 étapes de nettoyage signifient une différence de 1,5 heure à 2,25 heures. Cette différence est multipliée de nouveau lorsque l’activité SNG globale augmente.

Facteur 4 – Performance prévisible

L’uniformité de la taille des fragments d’ADN affecte à la fois la qualité et l’efficacité du séquençage de l’ADN. La taille initiale du fragment doit être correctement ciblée pour permettre une longueur d’appariement de base (bp) supplémentaire à mesure que des adaptateurs sont ajoutés aux fragments pour le séquençage. Idéalement, les concentrations de la taille des fragments resteront élevées et prévisibles à mesure que les ratios de liaison seront utilisés (voir le graphique pour AMPurex P dans la Figure 3). C’est un facteur important si un utilisateur envisage de passer d’un kit de nettoyage à un autre. Les traces ci-dessous montrent des différences relatives dans la hauteur de pic et la récupération (Figure 3).

Figure 3 Capacité et performance d’AMPurex P

Figure 3

Facteur 5 – Risques associé au changement de produit

L’exemple ci-dessus montrant des ratios de liaison produisant des concentrations de tailles des fragments d’ADN différentes pour différents kits de nettoyage est un des risques associés au changement d’un kit de nettoyage à un autre. Les autres risques sont les suivants :

  • Le temps et les efforts supplémentaires nécessaires pour évaluer un nouveau kit de nettoyage
  • Le risque d’avoir à refaire le séquençage plus tard si la performance du nouveau produit n’est pas aussi bonne que celle du produit d’origine.
  • Un fournisseur de kit de bibliothèque retirant son soutien pour résoudre les problèmes en cas d’utilisation « hors AMM » avec un produit de nettoyage qui n’a pas été recommandé par ce fournisseur de kit de bibliothèque.

Conclusion

Des kits de nettoyage pour le séquençage d’ADN peu onéreux peuvent avoir une mauvaise performance et mettre en danger les résultats globaux du SNG. Les risques comprennent la perte de temps, une efficacité sous-optimale, des découvertes incomplètes.

En comparaison, AMPurex P cible ce qui est vraiment important pour les entreprises et organisations travaillant sur le séquençage de l’ADN : la cohérence et la fiabilité de lot à lot, la qualité pour la fabrication, et la livraison de résultats dans les délais.

AMPurex P est recommandé par 215 fabricants de kits de constitution de bibliothèque. Les fournisseurs de ces kits recommandent souvent AMPurex P comme seule option de nettoyage. AMPurex P a également été citée dans plus de 21 000 articles sur Google Scholar.

En utilisant AMPurex P comme votre kit de nettoyage, vous pouvez conserver vos projets de séquençage sur la bonne voie et continuer à fournir les meilleurs résultats possibles pour vos clients, patients et journaux.

 

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Votre utilisation de la méthode est uniquement à vos propres risques, sans avoir recours à Beckman Coulter. Non conçus ou validés pour une utilisation dans le diagnostic des maladies ou d’autres affections. Ces protocoles sont destinés à des fins de démonstration uniquement et ne sont pas validés par Beckman Coulter.

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