Le Séquençage

Faible coût, préparation de bibliothèques hautement efficace

Les automates de transferts de liquides Echo permettent la préparation de bibliothèques dans des volumes de l'ordre du microlitre pour une gamme de méthodes de séquençage allant de la méthode Sanger, 16S et le séquençage de nouvelle génération (NGS) – afin de réduire considérablement les coûts en réactifs, économiser les échantillons et éliminer des étapes — tout en améliorant la qualité des bibliothèques et le débit.

Avec le séquençage Sanger, le coût des réactifs BigDye peut représenter un facteur limitant. Les volumes de séquençage peuvent être réduits de 10 µL à 2,5 µL à l'aide de l' Echo pour obtenir une réduction d’un facteur 4 du coût par réaction.

Le séquençage de l’ARNr 16S a longtemps été la méthode de choix pour les chercheurs travaillant sur le microbiome. L'utilisation de l' Echo permet la miniaturisation du séquençage des ARNr 16S et la réduction du coût des réactifs NGS permet également aux chercheurs de miniaturiser le séquençage Shotgun.

Réduit les coûts de préparation des bibliothèques d’un facteur 100

L’utilisation du manipulateur de liquides Echo pour la préparation de bibliothèques par séquençage NGS par rapport à des manipulateurs de liquides classiques permet une réduction allant jusqu’à un facteur 100 des volumes de réaction, réduisant considérablement les coûts des réactifs de l’étude.

Comparaison des méthodes de transfert de liquides

  Pipetage manuel Automates de transferts de liquides Echo®
Quantité d'ADN  50ng 0.06 - 2.0 ng 
 Volume d’ADN (Rxn)  25µL  200 nL
Volume de préparation de la bibliothèque (Rxn)  25 µL  300 nL
Volume total  50 µL  0.5 µL
 Réactions per kit  96  9600
Coût par réaction  $72.91 $0.73 

Réduit les volumes de transfert de 75 % ou plus

À l’échelle des programmes de séquençage NGS, le coût de préparation de bibliothèques est un facteur limitant. Grâce à la capacité de transfert de faibles volumes par énergie acoustique de l' Echo, les chercheurs peuvent augmenter de manière significative le nombre de bibliothèques générées tout en maintenant les budgets actuels.

Miniaturized Illumina Nextera XT Library Prep Using an Integrated Biomek i5 and Echo 525 Liquid Handling Workstation

 

Nextera XT NGS Library Prep

Sequencing Nextera XT NGS Library Prep

Genomic Reagents Portfolio

Our reagents are powered by Solid Phase Reversible Immobilization or SPRI technology, which uses SPRI paramagnetic beads to selectively bind nucleic acids by size. It’s ideal for nucleic acid extraction from cells, tissue, blood and even challenging formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples.
* Low-cost, high-throughput sequencing of DNA assemblies using a highly multiplexed Nextera process. Shapland et al. ACS Synth. Biol., 2015

Additional Resources

Video: Echo Liquid Handling for Next-Gen Sequencing

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