Apostle MiniMax™ Performance et Résultats

Extraction à partir de plasma de l’ADN libre circulant lors de biopsies liquides

Le kit Apostle MiniMax™ High Efficiency cfDNA(édition standard) est basé sur l’utilisation de billes magnétiques pour l’extraction de cfDNA.
Le kit Apostle MiniMax™ a démontré sa capacité à purifier le cfDNA de plasma humain, tant en version manuelle, qu’en méthode automatisée.

  • Résultats représentatifs de 1 à 5 ml de plasma
  • Efficacité prouvée pour un grand nombre de tubes collecteurs
  • Pureté du cfDNA extrait validée pour des applications telles que la PCR

Plasma issu d’une large gamme de tubes collecteurs

Bonne performance avec du plasma issu d’une large gamme de tubes collecteurs

Figue 1 (ci-dessous) : ADN extrait à partir de 1ml de plasma collecté dans 2 tubes dédiés à l’extraction de cfDNA (Tubes 1 et 2), et dans un tube contenant de l’EDTA. L’extraction a été réalisée en utilisant le kit Apostle MiniMax ; un kit alternatif basé sur l’emploi de colonnes, fourni par un autre acteur majeur dans ce domaine (kit A) ; un dernier kit utilisant des billes magnétiques (kit B). La quantité de cfDNA extrait a été déterminé en utilisant le kit Quant-It Picrogreen dsDNA (Thermo Fisher Scientific). Les barres d’erreur représentent la déviation standard des 3 réplicats. Pour chaque tube utilisé, le kit Apostle MiniMax donne un rendement supérieur de cfDNA extrait.
La taille des fragments extraits a été analysée avec un Bioanalyzer 2100 (Agilent). Pour chaque tube utilisé, l’ADN extrait a la taille escomptée (~170pb).

Genomics cfDNA Yield from Plasma

Figure 1

 

Reproductibilité exceptionnelle

Figure 2 (ci-dessous) : ADN extrait à partir de 1ml de plasma collecté dans des tubes spécifiques pour cfDNA ; en utilisant le kit Apostle MiniMax™ et un kit alternatif (kit A), en duplicat. Les courbes des 2 réplicats réalisés avec le kit Apostle MiniMax™ sont totalement identiques tandis que celles du kit A ne se superposent pas. Le cfDNA extrait a été caractérisé grâce au Bioanalyzer 2100 (Agilent), les pics à 35 (pb) et à 10380 (pb) correspondent à des marqueurs internes.

Genomics cfDNA from Plasma Reproducibility

Figure 2

Dans la Figure 3 (graphe A), le cfDNA a été isolé à partir de 4ml de plasma ; en utilisant le kit Apostle MiniMax™ (courbe rouge), et un kit alternatif reconnu basé sur l’emploi de colonnes (courbe bleue). Le cfDNA extrait a été caractérisé par Bioanalyzer 2100.
Sur le graphe B, le cfDNA a été extrait de 20ml d’urine, en utilisant le kit Apostle MiniMax™ (courbe rouge), et un kit alternatif reconnu basé sur l’emploi de colonnes (courbe bleue). Le cfDNA extrait, caractérisé par Bioanalyzer 2100, présente un pic plus élevé à 170pb. Les pics à 35 (pb) et à 10380 (pb) correspondent à des marqueurs internes. Pour les deux types d’échantillons, le plasma et l’urine, le kit Apostle MiniMax est plus performant que son principal concurrent.

Genomics cfDNA Isolation Characterized

Figure 3

Détection des mutations de l’ADN et performance

Dans la Figure 4 (graphes de gauche), 20 μL d’une solution d’ADN synthétique d’une taille de 170 pb contenant la mutation EGFR C2573T>G L858R a été mélangé à 1ml de tampon TE (courbe bleue) ou de sérum (courbe rouge), avec une dilution sérielle de 1 ng/µL à 0.001 ng/µL. Le kit Apostle MiniMax™ a été utilisé pour isoler ce fragment.
Le graphe A représente les courbes d’amplification, avec une superposition parfaite des 3 courbes d’ADN extraits (muté ou original), quelle que soit la concentration.
Le graphe B montre la quantité d’ADN extrait par le Aposlte MiniMax™, générant une courbe standard linéaire en qPCR. Le rendement d’extraction d’ADN obtenu est >90%.
La Figure 5 (ci-dessous à droite) présente la comparaison de performance en qPCR des ADN extraits avec le kit Apostle MiniMax™ et un kit alternatif reconnu basé sur l’emploi de colonnes (kit A). Le kit Apostle MiniMax™ est meilleur que le kit A, quel que soit le tube analysé.

Genomics cfDNA Mutation Detection

Figure 4

Genomics cfDNA qPCR Performance

Figure 5

La quantité d’ADN extrait augmente avec le volume d’échantillon

Dans la Figure 6 (ci-dessous), l’ADN a été extrait de 1, 3 et 5ml de plasma stocké dans des tubes EDTA Apostle MiniMax™. La quantité d’ADN extrait avec le kit Apostle MiniMax™augmente avec le volume d’échantillon utilisé.
La quantité de cfDNA extrait a été déterminé en utilisant le kit Quant-It Picrogreen dsDNA (Thermo Fisher Scientific). Les barres d’erreur représentent la déviation standard des 3 réplicats.

Genomics cfDNA Yield Input Volume

Figure 6

Protocole

Genomics cfDNA Apostle MiniMax Workflow

  1. Lyse du plasma
  2. Rétention du cfDNA sur les billes magnétiques
  3. Séparation magnétique des billes de leurs contaminants
  4. 1er lavage des billes magnétiques avec un tampon de lavage
  5. 2eme lavage des billes magnétiques avec un tampon de lavage
  6. Elution du cfDNA des billes magnétiques

 

Produit: Kit d’extraction de cfDNA Apostle MiniMax™ High Efficiency (édition standard)

Le kit Apostle MiniMax™ est disponible en 3 formats, en fonction de votre débit:

PART # NAME PREPS
C40603 Apostle MiniMax™ 50
C40604 Apostle MiniMax™ 10
C40605 Apostle MiniMax™ Large Volume 50

 

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Ce kit permet l’extraction d’ADN libre circulant de plasma, sérum et urine, en utilisant une technologie propre basée sur des billes magnétiques, délivrant des résultats compatibles avec des applications de NGS et PCR.

 

 

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