Caractéristiques du logiciel CellMek SPS Panel Designer

Jessica Ashbaugh, Beckman Coulter, Miami, États-Unis
William Gutierrez, Beckman Coulter, Miami, États-Unis
Carsten Lange, Beckman Coulter, Krefeld, Allemagne

Le CellMek SPS Sample Preparation System automatise le flux de travail : du chargement des échantillons aux échantillons prêts à être analysés, sans intervention de l'utilisateur. Ces flux de préparation d'échantillons, entièrement personnalisables pour répondre aux besoins spécifiques des laboratoires et ils sont créés à l'aide du logiciel CellMek Panel Designer.

Cette page décrit la procédure de création des panels utilisés par l'instrument CellMek SPS pour les flux de travail personnalisés. Les caractéristiques mises en avant comprennent le catalogue intégré de réactifs Beckman Coulter, ainsi que des réactifs personnalisés, la sélection du volume d'échantillon en fonction de la concentration en globules blancs de l'échantillon, et les options pour les étapes de lavage d'échantillon.

1. Ouvrez le logiciel CellMek SPS Panel Designer. Le volet de gauche affiche les icônes Home (Accueil), Recent (Récent), Panel, Reagent (Réactif) et Archive. Il est également possible d'y accéder par des liens depuis l'écran d'accueil.

   

2. La sélection de l'icône Réactif affiche les options pour le Beckman Coulter Reagent Catalog (Catalogue de réactifs Beckman Coulter) et les Custom Defined Reagents (Réactifs personnalisés).

   

   Sélectionnez Beckman Coulter Reagent Catalog pour confirmer que la dernière version du catalogue a été chargée ; sélectionnez Update (Mise à jour) au besoin.

   

   Select Custom Defined Reagents to create the desired custom labels for Liquid and Dry Antibody, Stain, Lyse and Prep Reagents. Select Add Reagent under the appropriate section to define the Reagent Name and add any comments. An example for 1x IOTest Lyse is shown below.

   

3. Dans Panels, sélectionnez New Panel (Nouveau panel) pour générer un nouveau panel de tests à exécuter sur l'instrument CellMek SPS. Si des panels existants sont disponibles dans un répertoire avec chemin d'accès, vous pouvez également utiliser la sélection New Panel from Template (Nouveau panel à partir d'un modèle) pour générer de nouveaux panels de tests, ou la sélection Open Panel (Ouvrir panel) pour afficher et modifier les nouvelles versions via la fonction Save As (Enregistrer sous).

   

4. La sélection de New Panel (Nouveau panel) ouvre la fenêtre suivante. Les cases surlignées en rouge sont obligatoires ; au minimum, le nom du panel, le volume de l'échantillon (µL) et un seul tube sont requis.

   Remarque : en survolant les cases rouges, un message contextuel contenant les paramètres acceptables pour le champ en question apparaît.

   

5. Cochez la case Wash specimen for all tubes (Lavage de l'échantillon pour tous les tubes) si un lavage de l'échantillon est souhaité pour tous les tubes du panel, et indiquez le nombre de cycles de lavage souhaité (1-5) que doit effectuer le système CellMek SPS. Remarque : la vitesse et la durée du cycle sont préréglées dans le système. Le nombre de cycles de lavage nécessaires doit être validé pour chaque application. Un nombre inférieur de lavages augmentera le débit global.

   

6. Ensuite, sélectionnez le volume de l'échantillon. Il peut s'agir d'un volume défini dans une fourchette de 25 à 400 µL, ou défini sur la base des informations relatives à la concentration en globules blancs. La concentration en globules blancs peut être indiquée à l'CellMek SPS instrument par le biais du SIL ou saisie manuellement par l'utilisateur sur l'écran Load Specimen (Chargement d'échantillon) du système au moment de l'attribution du panel.

   

   Si l'option Set Volume Based on WBC (Définir le volume en fonction des globules blancs) est utilisée, l'utilisateur peut établir des règles pour définir les volumes d'échantillons à utiliser pour différentes plages de concentration en globules blancs, y compris l'option de ne pas traiter l'échantillon en cas de concentrations trop élevées ou trop faibles. Il est également possible de diluer l'échantillon à un volume spécifique si un alignement entre les volumes de réaction est nécessaire. Dans l'exemple ci-dessous, un échantillon contenant 35 000 cellules/µL sera distribué à raison de 25 µL suivi de 75 µL d'Isoflow pour porter le volume total à 100 µL pour le traitement ultérieur de l'échantillon..

   

7. Après avoir saisi les exigences relatives à l'échantillon, cochez la case pour le Tube 1.

   

8. L'écran passe aux champs permettant de définir le nom du tube et les étapes individuelles du tube. Au fur et à mesure que l'utilisateur saisit les informations relatives à sa conception, l'état du tube et le volume de remplissage (µL) se mettront à jour si la case orange est cochée.

   

9. Si l'option Wash specimen for all tubes (Laver l'échantillon pour tous les tubes) a été sélectionnée dans la section Specimen (Échantillon) précédente, l'option Wash specimen X times (Laver l'échantillon X fois) est automatiquement sélectionnée pour le tube. Désélectionner Wash specimen X times (Laver l'échantillon X fois) dans l'écran de définition de Tube entraîne sa désélection dans la section Specimen (Échantillon) précédente. Cela peut être souhaité si l'utilisateur souhaite effectuer un lavage d'échantillon pour un sous-ensemble de tubes seulement dans le panel qu'il génère. Le nombre de cycles de lavage sélectionné dans la section Specimen (Échantillon) s'appliquera à tous les tubes utilisant un lavage d'échantillon.

   L'option Dilute final sample to obtain X µL per tube (Diluer l'échantillon final pour obtenir X µL par tube) peut être sélectionnée si l'utilisateur souhaite aligner les volumes d'échantillons (jusqu'à 2300 µL) qui seront présentés au cytomètre en flux dans les cas où les volumes des tubes individuels pourraient autrement être trop faibles ; le fluide du système Isoflow serait utilisé pour diluer l'échantillon. Par exemple, si un utilisateur veut présenter 500 µL au cytomètre, mais que la dernière étape de préparation définie ne donne que 200 µL d'échantillon, 300 µL d'Isoflow seront ajoutés à l'échantillon final si cette case est cochée.

   

10. Sélectionnez Add Reagents (Ajouter réactifs) pour ouvrir les options Stain and Antibody (Colorant et anticorps), Lyse and Prep (Lyse et préparation) ou Prep Kits (Kits de préparation).

    

11. Si vous sélectionnez Stain and Antibody (Colorant et anticorps), un bloc de réactifs s'ouvre, dans lequel vous pouvez sélectionner jusqu'à 20 réactifs, définir les volumes individuels utilisés (3 - 100 µL), définir un temps d'incubation et déterminer si l'échantillon doit être lavé après l'incubation. L'en-tête du bloc restera rouge jusqu'à ce que tous les champs requis aient été remplis.

    

    Le champ Reagent (Réactif) permet de filtrer les produits du catalogue BEC ainsi que les réactifs personnalisés saisis par l'utilisateur (par exemple, LDR1 ci-dessous). Les réactifs récemment sélectionnés apparaissent en premier dans la liste, au-dessus de la ligne continue.

    

    Le Max Incubation Time (temps d'incubation maximum) est nécessaire si l'utilisateur doit définir des étapes ultérieures. Par conséquent, ce champ ne s'ouvre que lorsqu'une étape ultérieure est sélectionnée. Le Max Incubation Time doit être supérieur d'au moins 2 minutes au Min Incubation Time (temps d'incubation minimum).

    

    Après l'incubation, l'utilisateur peut choisir de laver l'échantillon (jusqu'à 5 cycles) ou d'effectuer un Spin Only (rotation uniquement) pour éliminer les réactifs en excès.

    

    Si un cycle de lavage est sélectionné, l'utilisateur a de nouveau la possibilité de définir le volume final de l'échantillon (450 -1500 µL) en utilisant le tampon de lavage (plutôt que l'Isoflow du système comme mentionné ci-dessus).

    

12. De même, si vous sélectionnez Lyse and Prep (Lyse et préparation), un bloc de réactifs s'ouvre, dans lequel vous pouvez sélectionner jusqu'à 20 réactifs, définir les volumes individuels utilisés (3 - 2000 µL), définir un temps d'incubation et déterminer si l'échantillon doit être lavé après l'incubation. L'en-tête du bloc restera rouge jusqu'à ce que tous les champs requis aient été remplis.

    

13. Sinon, vous pouvez sélectionner Prep Kit (Kit de préparation) pour ouvrir un bloc de réactifs dans lequel vous pourrez choisir d'utiliser l'IMMUNOPREP Reagent System, 300 Test (PN 7546999). Il s'agit actuellement du seul kit de réactifs pris en charge pour lequel le système CellMek SPS fonctionne sur la base des temps d'incubation et des volumes de réaction définis par le système. Ceci est dû au fait que l'IMMUNOPREP Reagent System utilise des incubations de l'ordre de la seconde plutôt que de la minute, comme c'est nécessaire pour les autres réactifs de lyse pris en charge. L'utilisateur peut toujours choisir de laver l'échantillon après l'utilisation du kit de réactifs, s'il le souhaite.

    

14. Après avoir renseigné les blocs de réactifs souhaités dans la préparation de tubes donnée, cochez la case orange pour vérifier l'état et le volume de remplissage du tube souhaité. Sélectionnez X pour fermer l'écran Tube individuel et revenir à l'écran Panel.

    

15. Si plusieurs tubes sont souhaités dans le panel, l'utilisateur peut sélectionner Add Tube (Ajouter un tube) dans l'écran Panel pour créer un autre tube à partir de zéro. Il est également possible de sélectionner l'icône de copie pour créer un tube identique, lequel peut ensuite être modifié après avoir sélectionné la case du tube copié. Il est possible d'ajouter jusqu'à 16 tubes dans un seul panel.

    

16. Une fois la conception du panel terminée (tous les tubes ajoutés), sélectionnez l'icône Save (Enregistrer) ou Save As (Enregistrer sous), puis le chemin de fichier approprié pour générer le fichier .prep. L'emplacement du fichier s'affiche sous le nom du panel, ainsi que le dernier numéro de version.

    

17. Le ou les fichiers .prep sont transférés vers le système CellMek SPS dans le dossier CellMek à l'aide d'une clé USB.

Une fois les panels personnalisés chargés dans le CellMek SPS system, l'utilisateur est prêt à charger simplement les réactifs, puis les échantillons avec les panels souhaités qui leur sont attribués, avant que l'instrument n'automatise le reste en vue de l'analyse.